Názov projektu: Integrácia genomických dátových zdrojov pre národnú bezpečnosť v humánnej, potravinovej a environmentálnej oblasti
Kód projektu v ITMS2021+: 01101C603
Partneri: Univerzita Komenského v Bratislave - Vedecký park (žiadateľ), Centrum vedecko-technických informácií Slovenskej republiky, ESMO Žilina, a.s., Slovgen s.r.o. (partneri)
Celková alokácia: 6 631 273,81 €
Stručný opis projektu:
Národný projekt genomického dohľadu nad pandémiou COVID-19 preukázal silu sekvenačných technológií a analýzy veľkých dát pri sledovaní vývoja, prenosu a mutácií respiračného vírusu. Využitie IT systémov a bioinformatiky na správu a analýzu generovaných dát výrazne odľahčilo personál, znížilo množstvo chýb a skrátilo dobu od prijatia vzorky po jej charakterizáciu. Rovnako princípy genomického dohľadu je možné rozšíriť aj na monitorovanie ďalších patogénov, napríklad mikroorganizmov odolných voči antimikrobiálnym látkam (AMR), pri ktorých je nevyhnutné efektívne spracovať a interpretovať rozsiahle množstvo genomických a epidemiologických údajov.
Obohatením genomických údajov o kvalitné metadáta – ako sú demografické údaje pacientov, spotreba a nadužívanie antibiotík, analýza patogénov z potravín – je možné kvalitnejšie pochopiť prebiehajúce epidémie a umožniť modelovanie ich priebehu a ďalšieho vývoja. Dohľad nad AMR je spojený s generovaním veľkého množstva údajov v relatívne krátkom čase, čo predstavuje výzvu pri ich zbere, uskladaní, analýze a interpretácii. Súčasné metódy často narážajú na problémy v dôsledku fragmentácie dátových zdrojov naprieč viacerými zodpovednými subjektmi v rôznych oblastiach hospodárstva a zároveň na nekompatibilné IT systémy, ktoré obmedzujú zdieľanie a prepájanie týchto kritických údajov. Integrácia týchto dátových zdrojov by umožnila zlúčenie a automatizáciu zberu údajov, analýzu v reálnom čase a predikčné modelovanie, čím by sa získali nové poznatky o mechanizmoch rezistencie aj šírenia na Slovensku. Jednotná platforma založená na analýze týchto integrovaných dátových zdrojov by zabezpečila spoľahlivejšiu integráciu údajov z rôznych zdrojov, uľahčila včasnú detekciu nových hrozieb a prispela k efektívnejším zásahom. Zodpovední odborníci a epidemiológovia by takto získali vzácny a komplexný prehľad o aktuálnej epidemiologickej situácii, ako aj o dlhodobých rizikách spojených s AMR naprieč zvieracími sektormi hospodárstva a zdravotníctva. Podporila by sa efektívnejšia správa a dávkovanie antimikrobiálnych látok, zvýšila bezpečnosť konzumácie potravín alebo posilnila environmentálna bezpečnosť spojená s významnými modernými ekotoxínmi.
Skúsenosti pri vytváraní a prepájaní epidemiologických systémov, nadobudnuté počas pandémie COVID-19, boli založené na efektívnej medzirezortnej spolupráci, ktorá je overená v praxi kontinuálnym monitoringom SARS-CoV-2 a ďalších respiračných ochorení. Rozšírenie týchto systémov o komplexný monitoring antimikrobiálnej rezistencie (AMR), s aktívnym zapojením ďalších relevantných subjektov disponujúcich cennými dátovými zdrojmi, je logickým nadväzujúcim krokom k posilneniu epidemiologickej bezpečnosti Slovenska. Pokročilé analýzy získaných dátových tokov poskytnú kľúčové informácie potrebné pre efektívne a kvalifikované rozhodovanie na národnej úrovni, ako aj pre aktívnu účasť Slovenskej republiky v medzinárodných iniciatívach, kde je kritickým faktorom efektívne zdieľanie dát vzhľadom na cezhraničný charakter epidémií. Tento projekt je týmto strategicky významný z hľadiska nielen národného, ale aj globálneho boja proti narastajúcej hrozbe AMR.
